Fin de la tolérance sur les jours non prescrits entre deux arrêts maladie : quelles conséquences pour les salariés ?
- Le Bouard Avocats
- 2 juin
- 5 min de lecture
Ce qu’il faut retenir sur l’indemnisation des jours non prescrits entre deux arrêts maladie
Depuis le 1er septembre 2024, tout jour non prescrit entre deux arrêts n’est plus indemnisé par la CPAM, même si l’arrêt suivant est une prolongation.
En cas d’interruption ≤ 2 jours, l’indemnisation dépend du type de prescription (initiale = nouvelle carence / prolongation = pas de carence mais pas d’IJ).
Au-delà de 3 jours d’interruption, la règle est stricte : pas d’IJ, nouveau délai de carence, nouvelle attestation de salaire requise.
Ce changement implique aussi des ajustements en DSN : un nouveau signalement peut être nécessaire si la continuité n’est pas assurée.
Une réforme de la doctrine CNAM qui bouleverse les pratiques d’indemnisation
Depuis le 1er septembre 2024, la Caisse nationale d’assurance maladie (CNAM) a modifié en profondeur sa doctrine relative à la gestion des interruptions non couvertes entre deux arrêts de travail.
Une réforme discrète, mais aux conséquences majeures pour les salariés et les employeurs, notamment en cas de week-end intercalé non couvert. Désormais, l'absence de prescription continue – même pour un seul jour – prive le salarié de ses indemnités journalières.
Ce nouveau cadre appelle à une vigilance redoublée tant pour les professionnels du droit que pour les entreprises soumises aux exigences déclaratives de la DSN.
Rappel de la réglementation applicable en matière d’arrêt maladie
Les textes fondateurs : article L. 323-1 et suivants du Code de la sécurité sociale
En vertu de l’article L. 323-1 du Code de la sécurité sociale, le salarié peut bénéficier d’indemnités journalières (IJSS) à condition d’être dans l’incapacité physique constatée par un médecin, et de respecter les conditions de délai de carence, d’affiliation et de justification.
Jusqu’au 31 août 2024, la pratique des caisses permettait une certaine souplesse : en cas de prolongation non immédiate – par exemple lorsque la prescription suivante débutait un lundi sans couvrir le week-end précédent – la continuité du droit à indemnisation n’était pas remise en cause.
Un revirement doctrinal opéré par la CNAM
Depuis le 1er septembre 2024, cette souplesse est révolue. La CNAM considère désormais que toute interruption non prescrite entre deux arrêts de travail rompt la chaîne d’indemnisation, quelle que soit sa durée. Il en résulte un refus d’indemnisation pour les jours non couverts, même si l’arrêt suivant est qualifié de "prolongation" par le médecin.
Quelles conséquences en pratique pour les salariés ?
Distinction selon la durée de l’interruption entre deux arrêts
La CNAM distingue deux cas de figure selon l’intervalle entre les deux arrêts :
Interruption de 1 ou 2 jours calendaires
Si le deuxième arrêt est prescrit comme "initial" :
Application d’un nouveau délai de carence de 3 jours (C. séc. soc., art. R. 323-1) ;
Nouvelle attestation de salaire requise ;
Absence d’indemnisation pour les jours non prescrits.
Si le deuxième arrêt est prescrit comme "prolongation" :
Aucune IJSS pour les jours non prescrits ;
Pas de nouveau délai de carence ;
Pas de nouvelle attestation de salaire nécessaire.
Interruption supérieure à 2 jours calendaires
Dans ce cas, qu’il s’agisse d’une prolongation ou d’un nouvel arrêt, les règles classiques s’appliquent :
Nouvelle période de carence de 3 jours ;
Nouvelle attestation de salaire ;
Non-indemnisation des jours non prescrits.
Exemple : un salarié arrêté du 30 juin au 4 juillet, puis de nouveau à compter du 7 juillet. Le samedi 5 et le dimanche 6, non prescrits, ne seront pas indemnisés. Un nouveau délai de carence s’appliquera.
Impacts pour les employeurs : vigilance accrue en DSN et gestion du risque contentieux
Nouvelle gestion des signalements en DSN
Avant cette réforme, une simple mise à jour de la date de fin prévisionnelle (DSN rubrique S21.G00.60.003) suffisait en cas de prolongation. Cette règle n’est plus automatique.
Désormais :
Si l’arrêt est prescrit comme "prolongation" et que l’interruption n’excède pas 2 jours, le signalement initial reste suffisant.
Si l’arrêt est interrompu de plus de 2 jours, ou si la prolongation est qualifiée "initiale", un nouveau signalement d’arrêt de travail est requis.
Un manquement peut générer des erreurs de calcul d’IJ, des retards d’indemnisation ou des demandes de régularisation a posteriori.
Conséquences sur les obligations de maintien de salaire
Les conventions collectives et accords d’entreprise prévoient souvent un complément employeur aux IJSS. Or, si ces dernières ne sont pas versées, le maintien contractuel est lui aussi remis en question, sauf disposition plus favorable.
Les employeurs devront donc :
Adapter leurs procédures de gestion RH et paie ;
Alerter les salariés sur la nécessité de couvrir sans discontinuité leurs périodes d’arrêt.
Un encadrement strict qui renforce les exigences de sécurité juridique
Objectif de la réforme : éviter les "zones grises" entre deux arrêts
La CNAM vise clairement à sécuriser la chaîne de justification médicale des arrêts. Ce durcissement s’inscrit dans une volonté de lutter contre les abus et de clarifier les droits des assurés.
Toutefois, cette réforme risque d’exposer certains salariés de bonne foi à une interruption de leur couverture, notamment en cas de retard de consultation ou de difficulté d’accès à un médecin en fin de semaine.
Quelles précautions recommander aux salariés ?
Toujours consulter leur médecin avant l’échéance de l’arrêt en cours ;
Veiller à faire coïncider la date de reprise ou de prolongation avec la fin du précédent arrêt ;
En cas d’interruption non couverte, anticiper les effets : nouveau délai de carence, baisse de revenu, retards de remboursement.
Un nouveau cadre à maîtriser pour éviter toute rupture d’indemnisation
La réforme de septembre 2024 introduit une exigence accrue de continuité documentaire entre les arrêts maladie successifs. Elle impose aux salariés une discipline administrative stricte et aux employeurs une adaptation de leurs pratiques déclaratives.
En cas d’oubli ou de discontinuité, le risque de non-indemnisation est désormais immédiat, sans possibilité de régularisation rétroactive, même en présence d’un arrêt qualifié de prolongation.
Face à cette évolution, le conseil juridique a un rôle déterminant : informer, prévenir et sécuriser les droits tant des salariés que des employeurs.
FAQ – Indemnisation des jours non prescrits après arrêt maladie
1. Les jours non couverts entre deux arrêts maladie sont-ils indemnisés ?
Non. Depuis le 1er septembre 2024, toute période sans prescription médicale entre deux arrêts, même courte (week-end, jours fériés), n’est plus indemnisée par l’Assurance maladie.
2. Que se passe-t-il si mon médecin coche “prolongation” mais que deux jours séparent les arrêts ?
Même dans ce cas, les jours intermédiaires ne sont pas couverts. Toutefois, aucun nouveau délai de carence ne s’applique, et aucune nouvelle attestation de salaire n’est exigée.
3. Une nouvelle carence de 3 jours s’applique-t-elle toujours ?
Elle ne s’applique que si l’arrêt suivant est coché comme initial ou si l’interruption dépasse 2 jours calendaires, quelle que soit la mention “prolongation” ou “initiale”.
4. Quelles sont les conséquences pour l’employeur ?
L’employeur doit ajuster ses pratiques de paie et de gestion des arrêts. En cas de maintien de salaire, le défaut d’indemnisation par la CPAM peut impacter la subrogation.
5. Faut-il modifier la DSN en cas de prolongation interrompue ?
Oui. Lorsque l’interruption entre deux arrêts est supérieure à 2 jours, un nouveau signalement DSN “arrêt de travail” est requis. La simple actualisation en mensuelle ne suffit plus.